Le SyMOA est administré par un comité syndical composé de délégués des communautés de communes adhérentes.
Chaque communauté de communes est représentée au sein du syndicat par un ou plusieurs délégués en fonction de la participation au budget du syndicat. Le comité syndical est ainsi actuellement constitué de 25 délégués titulaires et autant de délégués suppléants.
Le bureau, élu par le comité syndical, est composé du président, du vice-président et de plusieurs autres membres.
Les ressources du syndicat proviennent des contributions des communautés de communes et des subventions accordées par l'Agence de l'Eau Seine-Normandie, par la Région Normandie et le Département de l'Orne.
La contribution des collectivités est déterminée au prorata de la surface de la commune sur le Bassin Versant de l'Orne (50 %) et de la population (50 %).
Le syndicat emploie deux techniciens de rivières à temps complet et une secrétaire à temps non complet.