Le SyMOA est administré par un comité syndical composé de délégués des communes et communautés de communes adhérentes.
Chaque commune ou communauté de communes est représentée au sein du syndicat par un ou plusieurs délégués en fonction de la population couverte. Le comité syndical est ainsi actuellement
constitué de 30 délégués titulaires et autant de délégués suppléants.
Le bureau, élu par le comité syndical, est composé du président, du vice-président et de quatre autres membres.
Les ressources du syndicat proviennent des contributions des communes/communautés de communes et des subventions accordées par l'Agence de l'Eau Seine-Normandie et par la Région Normandie.
La contribution des collectivités est déterminée au prorata du linéaire de berges (50 %) et de la population (50 %).
Le syndicat emploie deux techniciens de rivières à temps complet et une secrétaire à temps non complet.
